飲料灌裝機的容器必須要保持清潔，所配備的灌裝容器必須經過嚴格檢查和清洗，一定要避免灌裝后的飲料被污染；保持生產車間的干凈整潔也非常有必要。因為在飲料生產過程中，禁忌由于飲料灌裝機本身質量問題導致生產線無法正常運行，因此在使用灌裝機時要注意滅菌,確保潔凈,低溫灌裝。
飲料灌裝機確保潔凈的主要措施有：
首先要保持飲料灌裝機的管道潔凈，所有管道特別是與物料間接或直接接觸的管道，都要保持潔凈，每周要刷洗，每天要走水，每次都要滅菌；確保灌裝機干凈，對其物料槽要進行刷洗和滅菌，確保與物料接觸的部分都不能有積垢和雜菌。生產過程中要保證瓶裝飲料的生物穩定性滅菌是好的方法，清潔時一定要控制好滅菌的時間和溫度，確保最終效果，還要避免殺菌時間過長或溫度過高，減少飲料氧化，當殺菌后要盡快冷卻使溫度不超過35℃以上。低溫灌裝是對飲品灌裝的要求，一般情況下飲料在低溫環境中不易產生泡沫，有利于灌裝，從而保證飲料的產品質量。在飲料灌裝機每次工作前，要用0～1℃的水使灌裝機槽與輸送管道溫度降低，當灌裝溫度超過4℃時應先降低溫度后在進行灌裝操作。利用保溫槽,恒溫灌，使物料在灌裝的規定時間內保持一定的恒溫，避免造成灌裝機因溫度變化過大而運轉不穩定，從而影響生產效率。另外,飲料灌裝設備與其它設備隔絕，灌裝機的潤滑部分與灌裝物料部分應避免交叉污染，輸送帶的潤滑要用專用的肥皂水或潤滑油。
